システム全体でメール通知を行わないようにしたい

config/application.rb 中の config.action_mailer.perform_deliveries を false に設定してください。メール通知が全く行われなくなります。「管理」→「設定」→「メール通知」、および「マイアカウント」の設定は無視されます。

config.action_mailer.perform_deliveries = false

なお、これはRedmineに限らず、Ruby on Railsアプリケーションにおける一般的な設定項目です。